Em 17 de dezembro de 1999 instituiu-se a Associação Civil Beneficente Mater Dei, pelos Associados Fundadores, considerados os que participaram desse fato e constante da respectiva ata da Assembléia Geral. A Entidade assumiu o prédio e instalações da Clínica e Maternidade Nossa Senhora do Rosário. Foi criada a Associação, a fim de prestar serviço de assistência à Saúde à população menos favorecida, nas especialidades de Obstetrícia, Ginecologia, UTI Neonatal, destinando 100% dos seus atendimentos a pacientes usuários do SUS de Curitiba e Região Metropolitana. Com maior número de nascimentos, registra os menores índices de mortalidade neonatal e materna, contribuindo para a redução deste fator não só em Curitiba como no Estado do Paraná.

No dia 29 de setembro de 2006, o Conselho Nacional de Assistência Social (CNAS), concedeu o Certificado de Entidade Beneficente de Assistência Social, concretizando desta forma, o caráter Filantrópico da Instituição.

No dia 9 de março de 2007 em Assembléia Geral Extraordinária foi votada e aprovada a Incorporação da Associação Civil Beneficente Mater Dei pelo Hospital Nossa Senhora das Graças com o objetivo de unir esforços para continuar atendendo com qualidade, a população vulneralizada de Curitiba e Região Metropolitana.

A Maternidade Mater Dei como entidade beneficente de assistência social na área da saúde, tem como objetivo primário prestação de assistência médico-hospitalar às gestantes e recém-natos de Curitiba e Região Metropolitana, nas especialidades de Obstetrícia, Clínica Médica, Ginecologia, UTI Neonatal aos usuários do Sistema Único de Saúde – SUS.